معضل بزرگی که کیفیت گردو را تهدید می‌کند و باعث صدمه و خسارت به آن می‌گردد، مسئله سرختگی یا سیاه شدن مغز گردو می‌باشد. عوامل سوختگی یا سیه شدن به شرح زیر است:

1-  بیماری بلایت گردو

2-  کرم مغز خوار گردو

3-  عوامل ژنتیکی و نوع رقم انتخابی

4-  عوامل محیطی (تاثیر دما، آب و هوا، رطوبت و نور)

5-  تغذیه و کود‌دهی

6-  زمان برداشت و روش برداشت

7-  نحوه خشک کردن

8-  آبیاری